太陽能熱水器理論上是一次投資，使用不花錢。實際上不可能。
原因是無論任何地方，每年都有陰云雨雪天氣以及冬季日照不足天氣。在此氣候下主要靠電加熱制熱水（也有一些產品是靠燃氣加熱），每年平均有25%~50%以上的熱水需要完全靠電加熱（地區之間不盡相同，陰天多的地區實際耗電量還要大。上海地區近三年的統計數據表明，平均每年陰雨天高達67%，滿負荷利用太陽能熱水器其70%的熱能來自電或者燃氣）。這樣一來太陽能熱水器實際耗電量比熱泵熱水器大。此外，敷設在太陽能熱水器室外管路上的“電熱防凍帶（只在北方地區有）”，也要消耗大量電能。除此以外，太陽能熱水器在結構上還存在多種難以解決的技術缺陷。
1. 熱水管路長達十幾米，每次使用都要浪費很多水。以典型的Φ12毫米水管計算，每1米長度存水為0.113公斤。若太陽能熱水管長度平均為15米，則每次使用都要浪費大約1.7公斤水。若平均每天使用6次，則每天浪費10.2公斤水；每月浪費360公斤水；每年浪費4320公斤水；十年浪費43200公斤水！以浪費水為代價節省一些電,恐怕無論是政府還是老百姓若知道這些都不會認可。中國的660多個城市中，一半以上城市不同程度缺水，其中嚴重缺水的有111個，每年因缺水影響工業產值就達到2000多億元。
2. 需要一整天的日照才能把水曬熱，天氣好的時候也只能保證晚上有熱水，白天和夜間很少有熱水可用。不能保證使用者24小時熱水供應，舒適性差。
3. 太陽能熱水器的采光板必須安裝在屋頂上，既龐大笨重，又影響建筑美觀（越是高檔住宅區越明顯），還容易損壞屋頂防水層。
4. 光電互補，實際上沒法恰當的實現。市場90%的太陽能熱水器存在著難以克服的頑癥：冬天水溫達不到，或者只能產生少量熱水；這些產品只能在夏秋季陽光充足的時候用，冬季日照弱時根本不能用，或者產生的熱水太少，不好用，客戶經常投訴；其實，真正的太陽能熱水器必須是一年四季都能用的。熱水使用量比較大的時間是集中在冬天，而冬天的集熱效果又不能滿足使用要求，基本上受氣候條件的限制，擺脫不了普通太陽能熱水器“靠天吃飯”的局限，很難保證冬天照樣有充足的熱水。很多太陽能經銷商為彌補熱水產量不足，需要增加電輔助或者油鍋爐，但是這樣形成雙重投資，增加客戶的經濟負擔。消費者實際使用時候因此會白白浪費很多電能，并進一步減少使用的舒適度。太陽能熱水器為了在日照不足天氣也能有熱水，基本都采用了所謂的“光電互補”技術，也就是在太陽能熱水器上再增加一個電加熱器。理論上說，只要熱水不足就可以“讓”該電熱管加熱。這聽起來很美。實際上由于消費者使用熱水模式很復雜，一年365天日照情況也不是固定。所以根本沒辦法恰當的解決“何時啟動電加熱最合適”。采用溫度控制、時間控制實際上都不行（因為日照充足天氣剛注的自來水溫度也低于設定溫度，若單純采用溫度控制，那么會在不需要電加熱時候也通電）。使得這個初看上去簡單的“電加熱控制”問題沒有任何太陽能廠家完善的解決——百分之百的太陽能廠家都算在內。
5. 還有一條嚴重缺點就是現在市場99%以上都是非常落后的“非承壓式”（包括太陽能熱水器領域幾個強勢品牌，銷售的全部都是這種非承壓式），俗稱“落水式”。其進水、出水只有一根水管，使用非常不方便，根本就談不上舒適。